本发明提供了一种伺服控制系统的间隙补偿方法，包括以下步骤：检测伺服驱动力的大小或伺服执行机构受力的大小，并且检测伺服执行机构的移动位置；当伺服驱动力或伺服机构受力的增大速率达到预定值时，将伺服执行机构此时的位置设定为伺服运动的原点位置。在本发明中，当伺服驱动力或伺服机构受力急剧增加时，表明此时伺服执行机构各组件之间已没有间隙，伺服控制器将此时的伺服执行机构的位置设定为伺服运动的原点位置，自动进行间隙补偿。该间隙补偿方法不需要预先测量出伺服执行机构各组件之间的间隙，并且所获得的间隙补偿值比较精确。