本发明涉及一种新的发热伴血小板减少综合征病毒，以及以湖北分离株HB29为代表的全基因序列、其编码蛋白的氨基酸序列及应用。对该病毒的全基因序列进行同源性分析，该病毒属于布尼亚病毒科，包括三个基因片段L、M和S，分别表达病毒的多聚酶、糖蛋白(Gn和Gc)和核蛋白(NP)及非结构蛋白(NSs)，并且三个片段均在白蛉病毒属这一分支上，但与该属的其他病毒距离较远。可将本发明涉及的病毒全基因序列及其编码的蛋白用于研制预防和治疗由发热伴血小板减少综合征病毒所致传染病的药物、疫苗或诊断试剂。