本发明公开了一种整车下线配置系统及其配置方法，包括车型配置数据库、应用于CAN平台的下线设备、以及整车中一个或多个电控单元，车型配置数据库用于储存和查询整车代码及各整车代码对应车型的整车配置信息，下线设备用于从车型配置数据库获取整车配置信息，并将整车配置信息编码后写入电控单元，下线设备与车型配置数据库、电控单元之间通过CAN通讯连接，电控单元用于从下线设备获取配置信息编码。本发明对车结构不做变化，通过刷写调整整车配置，有效减少电控单元数量，并适用于不同配置的车型。