本发明公开了小麦B淀粉生产低聚异麦芽糖工艺过程中应用的一种小麦淀粉生产功能淀粉糖的方法。所述的生产方法为：将小麦B淀粉乳调浆16-17Be，调节液化液pH值为5.0-6.0，加入高温淀粉酶0.5-6kg/吨，糖化44-48小时，进行喷射液化控制DE值12-15；物料在蛋白凝聚器中凝聚2小时后，通过双锥卧螺分离出热凝聚蛋白，然后添加真菌酶、转苷酶糖化，糖化结束后添加酵母，利用生物降解蒸馏得到副产物酒精，再通过膜分离设备使葡萄糖低聚糖分离，使糖浆成分更急一步纯化，然后在经五效蒸发得到纯净的低聚异麦芽糖浆。由于本发明创新应用了双锥卧螺分离热凝聚蛋白，然后加酶糖化、转苷，添加酵母进行生物降解得到副产品酒精，最后又通过膜分离等新工艺，利用小麦B淀粉生产低聚异麦芽糖，然后蒸发得到纯净的产品，降低了生产成本。