本发明涉及一种高芳含柴油加氢改质方法。该方法包括：原料油和氢气经加热炉首先进入第一反应器，在加氢精制条件下与加氢催化剂接触，进行常规加氢精制反应，所得反应流出物进入气提混氢设备中，脱除油中溶解的硫化氢和氨，并使氢气在油中达到溶解饱和状态，然后与补充氢混合进入第二反应器与贵金属加氢催化剂接触，进行深度脱芳烃反应，可以获得较好的效果。本发明方法针对石化企业劣质的催化柴油馏分，或含芳烃较多的混合柴油馏分。采用该工艺方法可以生产出硫含量小于10μg/g的超低硫清洁柴油，产品十六烷值可以直接满足国标要求。