本发明公开了一种单细胞基因组分析方法和试剂盒。所述方法包括：a、获取完整细胞基因组DNA；b、进行单细胞全基因组扩增；c、对扩增产物进行定量检测及定性检测，所述定性检测是指，采用Housekeeping？Gene检测方法，对单细胞全基因组的扩增产物进行检测。所述试剂盒含有所述单细胞的Housekeeping？Gene的特异性引物。本发明的方法可以全面完整地分析单细胞基因组的遗传变异信息，并对于全新物种的单细胞基因组研究提供了有效的研究策略；而引入的定性及定量检测筛选步骤，可去除大量不合格的扩增样品，从而控制下游上机测序文库的质量，能从很大程度上避免不必要的浪费。