本发明公开了一种无菌超滤浓缩型酶制剂发酵液后提取生产线，解决了现有技术工艺简单粗糙、易受外来杂菌污染等问题，其特征在于把发酵液储罐与板框压滤机、压滤清液储罐、微滤膜过滤机、微滤超滤后浓缩液储罐、超滤膜过滤机通过阀门、泵相连通，在压滤清液储罐、微滤膜过滤机之间设置消毒液循环支路系统。本发明综合采用了板框压滤、管式膜微滤、卷式膜超滤的密封式过滤设备，充分利用各设备的优势，在除菌除渣、纯化有效成分、减少劳动强度、节能减排等方面取得了显著的效果，利用液体消毒灭菌剂对管路、过滤膜、储罐、动力设施等进行彻底消毒，避免杂菌的污染。