本发明公开了一种利用极低频交变磁场种子培养高效转化新科斯糖的方法，属于生物工程技术领域与电磁学领域的结合。以法夫酵母为出发菌株，在一定频率和强度的极低频交变磁场作用下，法夫酵母经振荡器摇瓶发酵制备种子培养基、菌体细胞的扩大培养，静息细胞的制备，全细胞的生物转化来产新科斯糖。菌体细胞产糖的最适工艺条件为：种子培养发酵液中心磁场3000Gs~5000Gs，交变磁场频率10Hz，全细胞生物转化制备新科斯糖时的细胞浓度30-90g/L，蔗糖浓度200-400g/L，反应温度20-30℃，反应时间4-8h，所用细胞菌龄为32-48h。在此工艺条件下新科斯糖的转化率可达65%以上，转化糖液直接浓缩干燥即可达P55级。