本发明公开了一种基于多层液晶骨架的、含有活性物质的凝胶组合物及制法，凝胶组合物包括如下重量百分比的组分：液晶凝胶表面活性剂0.1％～35％，透皮促渗剂0.2％～30％，液体石蜡0.5％～30％，凝胶基质材料0.1％～20％，水3％～90％，活性物质0.1～15％，乙醇溶液3％～90％。本发明的于多层液晶骨架的、含有活性物质的凝胶组合物，不仅具有的更好效能性，而且能减少服药频率，增加使用者的顺应性；同时透皮途径避免了药物口服经胃肠道及肝的首过效应，具有更高的生物利用度。