本发明涉及生物技术制药领域，特别涉及一种包裹蛋白大分子药物的纳米囊泡及其制备方法。本发明的制备方法包括：将聚乙二醇溶液和甲基丙烯酸缩水甘油酯葡聚糖溶液进行混悬，之后加入三嵌段高分子乳化，之后再加入蛋白大分子药物乳化，然后在交联剂的催化下形成稳定的内水相，最后透析除去连续相聚乙二醇，冻干后收集得到稳定的纳米囊泡。与现有技术相比，本发明的包裹蛋白大分子药物的纳米囊泡的制备方法选择了内水相交联的方法，可避免囊泡在体内输送时渗透压改变后容易破裂和药物漏出的情况出现。