本发明涉及一种耐酸性高温α-淀粉酶及其基因、工程菌和制备方法，其技术方案是利用重组DNA技术定点突变地衣芽孢杆菌耐高温α-淀粉酶基因，得到耐高温α-淀粉酶耐酸性突变基因，即耐酸性高温α-淀粉酶基因，并利用枯草芽孢杆菌表达系统，分泌表达耐酸性高温α-淀粉酶的方法。本发明解决了现有耐高温α-淀粉酶耐酸性较差，耐高温与耐酸性无法同时兼顾，造成应用受限的问题，满足了一些在酸性和高温环境下进行淀粉原料液化工艺的要求，可提高产品收得率及质量，简化工艺。