本发明公开了一种公共动物双歧杆菌益生菌密码子数据库管理方法，该管理方法包括以下步骤：接收指令，调用公共动物双歧杆菌数据库管理系统；选择动物双歧杆菌；通过密码子分析软件CodonW和文本编辑器选择编译序列；获取18035个编码序列的所有密码子资料。本发明克服现有技术的不足，发明了公共动物双歧杆菌密码子数据库管理系统。通过数据库技术和网络，借助密码子分析软件CodonW获取不同动物双歧杆菌的密码子资料，实现对七种动物双歧杆菌的密码子资料进行存档，方便相关工作者查询使用。