本发明公开一种基于船舶辐射噪声的水声隐蔽通信方法，在发送端，对载体信号进行频谱分析，在频域内实现信息嵌入，并且对嵌入的频域信号进行幅频修正，通过频域反变换得到时域信号，在已嵌入信息的时域通信信号之前加入同步信号构成最终发射信号，将信号进行功率放大输出至低频换能器，实现发射；在接收端，将感应到的声学信号转换为电信号，用预先已知的同步信号对是否存在通信信号进行检测，如果存在，则采用与发送端映射的逆操作得到加密的消息，最后利用密钥通过解密算法最终恢复出原始待发送的消息或信息。此种通信方法不仅能够安全可靠地传输信息，同时可使通信过程更具隐蔽性。本发明还公开一种基于船舶辐射噪声的水声隐蔽通信系统。