本发明公开了一种从香蕉皮中提取花青素的方法。是采用超声波辅助微生物发酵法从青香蕉皮中提取花青素，利用微生物发酵法通过黑曲霉代谢产物对香蕉皮细胞壁的破坏，再通过超声波产生的空化作用，使得花青素充分释放。然后经过离心渣液分离、膜过滤分离、层析纯化、超速冷冻和真空干燥等处理，获得纯度超过94%的花青素。超速冷冻具有品质好、冰晶小、干燥速度快等特点，被广泛的应用于食品加工过程中。本发明将其与真空干燥技术相结合，在冻结状态下脱水彻底、成分损失少、品质优异、保存时间长。本发明操作简单，高产高效，生成过程清洁无害，且能耗小，效益高，花青素的得率大、纯度高，适合规模化的生产应用，具有极大的市场前景。