本发明公开了一种酶法脱胶精制水飞蓟籽油的方法，涉及油脂的精炼技术领域。包括以下步骤：水飞蓟籽经压榨或浸出方法制得水飞蓟毛油，利用悬浮杂质与油脂的密度不同，在自然静置状态下，或将水飞蓟毛油于50℃干燥箱内保持1h，使杂质与油脂分离，过滤，制得毛油。采用磷脂酶对水飞蓟毛油进行脱胶处理，然后进行脱酸、脱色、脱臭，得到精制水飞蓟籽油。本发明的酶法脱胶方法解决了水飞蓟籽油精炼的关键技术，使得脱胶后水飞蓟籽油中磷脂含量显著降低，脱胶效率高，反应条件温和，能耗低，易于控制。使用硅胶作为吸附剂进行脱色脱臭处理，避免了传统工艺中的高温真空脱色和高温真空脱臭处理，减少了水飞蓟籽油中有效成分的损失，缩短了工艺流程。