本发明公开了一种汽车发动机的水泵系统及其控制方法。汽车发动机的水泵系统，包括：磁流变液离合水泵，连接汽车发动机的动力输出轴；水温传感器，用于检测汽车发动机水温；以及ECU，根据水温传感器检测的发动机水温，对磁流变液离合水泵进行通断电控制：当发动机水温低于门限温度时，对磁流变液离合水泵断电，磁流变液离合水泵与动力输出轴不产生动力连接，当发动机水温达到门限温度时，对磁流变液离合水泵通电，磁流变液离合水泵与动力输出轴产生动力连接。本发明的发动机水泵系统能够避免由于发动机过冷引起的排放水平恶劣和功率消耗而产生的油耗增加等问题，有效提高热管理，降低发动机的排放和油耗。