本发明公开了属于生物微系统技术领域的一种基于亲和素-生物素系统细胞图形化芯片及其制备和应用。此方法利用光刻和化学沉积的方法制备亲生物性的六甲基二硅胺点阵列以及生物钝化的聚乙二醇图形化区域；然后在六甲基二硅胺点阵列上形成牛血清白蛋白-生物素、亲和素和生物素化细胞的三明治结构，从而定向排布细胞，实现细胞的分离与定位。本发明的方法所用材料简单，方法简便；通过对HMDS阵列的大小以及排布方式的控制来实现对细胞阵列的排布进行控制；可用于各种细胞的图形化；在芯片的后续检测应用中，单细胞阵列不易被破坏；所用材料以及生化物质对细胞活性影响不大，能够使其用于活体细胞的检测。