本发明公开了一种燃料电池备用电源启动输出的控制系统及其控制方法，所述的系统包括备用电源燃料电池堆、备用电源输出DC/DC、备用电源输出负载、备用电源限流电路、备用电源控制器、电流传感器、温度传感器和电压传感器。本发明当燃料电池堆电压低于其设定极限值时，备用电源限流电路将限制负载的增加，实现对燃料电池堆的有效保护，即可以延长燃料电池堆的使用寿命，同时可以根据燃料电池堆的工作温度动态调整备用电源的启动时间，满足不同负载对启动的要求，又不影响燃料电池堆的使用寿命，由于本发明不必使用大容量的蓄电池，所以可以降低材料成本和维护成本。本发明可减小备用电源正常启动时由于加载过快导致缩短燃料电池的使用寿命。