一种镉镍蓄电池在轨深度放电方法，在控制镉镍蓄电池的充放电时，通过设置条件使得镉镍蓄电池在未充满的情况下停止充电(亏欠ΔQ)，镉镍蓄电池在转入放电模式后，由于放电量不变，因此镉镍蓄电池的放电深度增加，在下一个充电过程中，再设置条件使镉镍蓄电池多充ΔQ，补回亏欠的电量，深度放电操作结束。本发明方法克服了现有V-T曲线控制方法难以实现对航天器镉镍蓄电池采用深度放电进行在轨活化的问题，且放电深度可调节，适用于采用电量计控制的各种航天器用镉镍蓄电池，有效提高镉镍蓄电池的在轨使用寿命。