本发明涉及一种生物油脂生产低凝点马达燃料的加氢改质方法。以生物油脂为原料油，在加氢条件下，原料油与氢气混合通过第一段加氢反应区，该反应区包含至少两个加氢活性组分且含量依次升高的加氢催化剂床层，第一段加氢生成物流分离得到的富氢气体循环利用，分离得到的液体进入第二段加氢改质反应区，第二段加氢生成物流分离得到的副氢气体循环使用，分离得到的液体产品分馏得到石脑油和低凝点柴油，在反应状态下，所有加氢催化剂的加氢活性组分均为还原态的W、Mo、Ni和Co中的一种或几种。与现有技术相比，本发明方法可以在生产低凝点马达燃料的同时保证催化剂的活性稳定性和装置长周期稳定运行。