本发明涉及一种生物油脂生产低凝点马达燃料的两段法加氢方法，包括：生物油脂原料与氢气通过至少含有两个加氢反应器的第一段加氢反应区，首先通过低温操作的反应器，然后通过高温操作的反应器，富氢气体在第一段循环利用，液体进入第二段加氢改质反应区，加氢改质生成物流的副氢气体在第二段循环使用，液体产品分馏得到石脑油和低凝点柴油。在反应状态下，第一段使用的加氢催化剂的活性组分为还原态的W、Mo、Ni和Co中一种或几种，第二段使用的加氢催化剂的加氢活性组分为硫化态的W、Mo、Ni和Co中一种或几种。与现有技术相比，本发明方法可以在生产低凝点马达燃料的同时保证催化剂的活性稳定性和装置长周期稳定运行。