本发明公布了一种鉴定鲤鱼基因拷贝数的方法，包括以下步骤：（1）提取鲤鱼总DNA；（2）选取已知的鲤鱼单、双拷贝基因作为对照基因，设计其定量PCR引物，并设计目的基因的定量PCR引物；（3）以鲤鱼总DNA为模板，以单、双拷贝对照基因引物和目的基因的定量PCR引物为引物进行实时定量PCR；（4）比较目的基因和对照基因的扩增曲线，确定目的基因的拷贝数。运用本发明所述的方法，可以在分子水平快速准确地鉴定目的基因的单双拷贝数，为鲤鱼染色体间遗传物质交流或分子育种等研究提供直接、有效的分子证据。