本发明公开了一种编码器测量系统测量钢轨长度的方法及钢轨长度测量系统，所述编码器测量系统包括第一编码器测量装置和第二编码器测量装置，该方法包括：当第一编码器测量装置检测到钢轨进入第一检测区域时，所述第一编码器测量装置上升到测量位置；以及当第二编码器测量装置检测到所述钢轨进入第二检测区域时，所述第二编码器测量装置上升到所述测量位置，所述第一编码器装置在所述第二编码器测量装置上升到所述测量位置后下降，所述第二编码器叠加所述第一编码器测量的长度继续测量所述钢轨长度。从而较大的提高了设备利用率，减少了更换测量轮和编码器等备件，并且降低了事故的处理率，增加了钢轨产量，提高了加工效率。