本发明公开一种磁共振扫描定位系统及指向性定位扫描方法，磁共振扫描定位系统包括控制中心、光学测量系统、显示设备和定位器，光学测量系统、显示设备与控制中心相连，定位器上设有可被光学测量系统所跟踪的被动标识球组，所述定位器上可拆卸连接一个准直器，所述准直器内沿其轴线方向设有供穿刺针穿过的引导孔，根据所述穿刺针粗细不同，适配有相应内径引导孔的准直器，但所有准直器的外形尺寸都相同。本发明的磁共振扫描定位系统能够进行指向性定位扫描，呈现实时扫描图像，本发明还提供了一种便于引导、完整观察、快速纠偏的方法。