本发明公开了一种可完全生物降解脂肪族共聚酯的制备方法，包括如下步骤：1）以丁二酸和乙二醇为原料，季戊四醇为改性单体，并加入锑系催化剂，在打浆釜内打成浆料；2）将步骤1）中制得的浆料连续稳定输送至酯化反应釜中进行酯化反应制得酯化物；3）将步骤2）中制得的酯化物采用泵输送到缩聚工段进行缩聚制得可完全生物降解脂肪族共聚酯。本发明具有能满足纤维、非织造布、塑料制品、薄膜等生产的特点，且最终产品可在使用废弃后，被自然界的微生物或酶分解为二氧化碳和水，是一种可完全生物降解的高分子材料。