本发明涉及一株具有弱H+-ATPase活性的保加利亚乳杆菌及其筛选方法和应用，所述的保加利亚乳杆菌分类命名为Lactobacillus delbrueckii subsp.bulgaricus ND06-2，保藏登记号为CGMCCNo.7134，可以作为弱后酸化发酵剂使用。本发明利用含有硫酸新霉的MRS平板筛选，得到一株具有弱H+-ATPase活性的菌株，该菌株在脱脂乳中乳酸、乳糖和半乳糖的代谢能力明显低于出发菌株，可以作为弱后酸化的酸奶发酵剂在工业生产中使用。