本发明涉及一种能快速分解棉秆的复合菌剂及其制备方法，菌剂由热纤梭菌、脱硫肠状菌、嗜热地衣芽孢杆菌、溶纤维丁酸弧菌、枯草芽孢杆菌和嗜酸乳杆菌等6株细菌构成，各细胞数含量分别为10-20%、5-15%、5-35%、5-20%、25-35%和10-20%。制备方法将上述6株细菌进行混合发酵，待生长和分解能力旺盛时，进行棉秆快速分解复合菌剂制备，载体为棉秆，加入酵母粉、鱼粉等，喷洒菌液，烘干数次即得。本发明将六株细菌组合在一起，通过它们之间的协同功能发挥整体分解活性，对棉秆等具有很好的适应能力，对棉杆中的纤维素和半纤维素实现高效分解，棉杆经6天分解，总分解率达34.7%，半纤维素分解64.2%，纤维素分解43.1%，木质素损失11.2%；本复合菌剂还可用于棉秆能源转化和饲料化生产。