本发明提供了一种利用GAP启动子在毕赤酵母中组成型表达靶向抗菌肽AgPlectasin的方法。本发明利用GAP启动子替换载体pPICAgPlectasin中的AOX启动子，构建组成型重组表达载体pGAPAgPlectasin并转化毕赤酵母X-33，获得的重组酵母经发酵培养，能够分泌产生AgPlectasin。本发明首次实现靶向抗菌肽AgPlectasin在毕赤酵母中组成型表达，经120小时培养后发酵液中总蛋白浓度达到532.4mg/L；发酵液上清经G25脱盐和SP离子交换层析后能够得到目标产物纯品，产量为118.37mg/L；经Genetools分析其纯度为93.27%。抑菌实验表明AgPlectasin对金黄色葡萄球菌ATCC标准菌株有很强抑制作用，AgPlectasin的MIC介于0.09-1.47μM。本发明所述方法获得的AgPlectasin可应用于抗菌药物、食品添加剂、化妆品、饲料添加剂等领域，具有广阔的应用价值和市场前景。