本发明涉及一种在计算机辅助外科手术中相对于骨骼跟踪器械的方法。具有MEMS单元的参考跟踪器被固定至骨骼。所述跟踪器输出与其方位相关的数据。设有MEMS单元并固定至骨骼的器械以初始方位被预置。所述器械在初始化后输出与该器械的方位相关的跟踪数据。将骨骼关联至跟踪器的可跟踪的参考系被建立。器械的MEMS单元被初始化。在初始化器械的MEMS单元下，器械的初始方位与跟踪器的方位之间的关系被记录。器械与使用所述关系计算出的骨骼的参考系相关的方位数据被显示。本发明还描述了一种用于在初始化MEMS单元后相对于骨骼跟踪器械的计算机辅助外科手术系统。