本发明公开了一种用于控制浅水观察级迷你水下机器人的方法，包括控制建构、通信架构，控制实现了下位机主控制板控制三个水下推进器转动、控制摄像头切换、控制水下LED灯的开关及其亮度调节、水下各种自动功能的实现（自动定海、自动上浮下潜、自动前进）；通信实现了甲板单元与水下机器人之间的双向通信、水下机器人主控芯片与协处理器ATmega8之间的通信，制定了之间通信相关的通信协议，水下机器人可以完成甲板单元控制指令的接收，甲板单元可以实现对水下机器人发送的状态信息的接收。此外，本发明并且讨论了基于增量式PID算法实现自动定深的可行性，通过实验验证机数据分析证明了其自动定深功能的准确性。