本发明公开了一种用于超导稳频振荡器的超导谐振腔的内表面处理方法，包括如下步骤：离心式滚磨抛光，离心式滚磨抛光的时间为10-15天；低温退火，低温退火的温度为750℃，低温退火的时间为2-5小时；高温退火，高温退火的温度为1400-1500℃，高温退火的时间为24-32小时；化学抛光，化学抛光的时间为20-40分钟；电抛光；高压水冲洗，高压水冲洗的时间为40-120小时；低温烘烤，低温烘烤的温度为70-80℃，低温烘烤的时间为3-7天。所述方法能够有效地消除因电子束焊接引起的超导谐振腔内表面的凸起，从而提高超导谐振腔的Q值，当超导谐振腔的频率为9GHz时，其Q值高达109。