本发明提供了一种基于星载处理器的自主定轨方法。该方法利用星间测距，克服导航卫星定轨在脱离地面站支持的条件下定轨精度发散的难题，完成导航卫星之间精密测量数据转换、不同时间测量值归算、几何定轨、动力学定轨、自主星历生成等多项步骤，实现脱离地面站数据上注支持的导航卫星自主定轨算法。本方法在脱离地面站支持的条件下，即没有地面站测量数据，也没有地面站上注数据，导航卫星仅仅凭借星际双向测量的结果，并结合导航卫星上预存的60天长期预报星历，通过导航卫星自主运算，得到导航卫星的实时轨道预报结果，并可生成广播星历下发。