本发明涉及分子遗传学领域，具体涉及了一种鸡CCT6A基因5′调控区突变位点的分子标记方法及其在育种中的应用，发明人发现鸡CCT6A5′调控区-2198和-1932位点均有C>T突变，并进行了单个位点标记分析，结果发现两位点均与产蛋性状相关，CTCT基因型产蛋量显著高于CCTT和TTCC基因型，但与开产日龄没有很大的相关性。选取CCTT、CTCT和TTCC三种基因型的鸡取其卵泡，提RNA后，荧光定量PCR检测CCT6A的mRNA表达情况，结果表明CTCT基因型CCT6A的表达显著高于CCTT型和TTCC型，这与CTCT基因型产蛋量高的结果一致。可见检测这两个与产蛋性状相关联的分子标记，不仅方法简便快速，并且有助于选育高产蛋的鸡种，为标记辅助育种工作提供有利的帮助。