本发明公开了一种天然气水合物的绿色开采系统，用于深海浅层非成岩地层的天然气水合物开采，其包括：海底掘进流化提升撬：用以在天然气水合物的储藏区域，以自然环境中的温度和压力，固态形式采掘天然气水合物藏，将天然气水合物固体物质进行收集并破碎为颗粒物，将海水与颗粒物通过引射混合形成气液固多相混合物流；密闭流化集输管线：包括密闭管道，密闭管道与海底掘进流化提升撬连接以将气液固多相混合物流提升至海面；海面分离处理装置：设置于海面支持系统，包括对通过密闭管道提升至海面的气液固多相混合物进行分离的装置和对分离物进行处理的处理装置。本发明实现了深海天然气水合物的安全、绿色开采，避免了多个方面的潜在危险。