本发明公开了一种樟芝无性孢子低温保藏保护剂及其使用方法，可用于樟芝菌种保藏及接种物保藏等。该保护剂组成为（w/w）：甘油10%~30%，海藻糖5%~5%，蔗糖2%~10%，乳糖2%~10%，溶剂为生理盐水或水；保藏温度为-80oC~4oC。本发明所提供保护剂可使樟芝无性孢子在低温条件下（-80oC~4oC）长时间保藏（1年以上）并保持较高萌发率及生长代谢活性。保藏的樟芝无性孢子可作为樟芝菌种进行活化、转接及育种等，取代传统的斜面及甘油管，为实验室樟芝菌种保藏提供了一种新的保藏方法，且该方法保藏时间长、效果好；此外，保藏的樟芝无性孢子还可作为接种物进行樟芝液态发酵及固态发酵培养，为樟芝发酵生产节约了种子制备的时间及成本，提高了生产效率。