本发明提供了一种高压共轨系统控制方法及装置，当凸轮轴传感器工作状态正常，曲轴转速传感器工作状态异常时，可以利用凸轮轴传感器信号确定模拟曲轴转速传感器信号控制喷油器给气缸喷油；当曲轴转速传感器工作状态正常，凸轮轴传感器工作状态异常时，根据曲轴转速传感器信号利用缺齿进行判缸，任意选取一个单体泵对蓄压油轨进行供油，若在预设时间内达到预设轨压，则选取的单体泵正确；若在预设时间内没有达到预设轨压，则选取另外一个单体泵重新建立轨压，可以实现在凸轮轴传感器以及曲轴转速传感器任意一个传感器异常时，可以利用一个传感器信号实现高压共轨系统对单体泵供油和喷油嘴喷油的有效控制，保证发动机正常工作。