本发明公开了一种基于离散三维荧光光谱的浮游植物识别测定方法与装置，测定方法根据浮游植物荧光光谱的指纹特征，选择不同光合色素对应的特征荧光峰作为分析对象，最大程度地保留了三维荧光谱中浮游植物特征信息，以标准离散三维荧光光谱库中的各特征光谱对样品特征光谱进行拟合，反演出样品中浮游植物种类及其含量；测定装置以多波段LED阵列作为激发光源，以多波段滤光片组作为接收荧光的波段选择器。本发明装置结构简单紧凑、体积小、携带方便，适用用于现场浮游植物的识别与测定，结合发明中提出的浮游植物识别与测定方法，可实现浮游植物现场快速的分类测量。