一种基于离散晶体的高能光子反应深度的定位方法，该方法利用离散晶体映射解码图中的反应深度信息，直接确定高能光子的反应深度，其包括如下步骤：a)标定高能光子反应深度与解码位置的对应关系；b)根据反应深度定位要求设定反应深度定位级别；c)根据反应深度级别确定反应深度分割边界；d)基于反应深度分割边界，由高能光子解码位置定位高能光子的反应深度。根据本发明的上述方法，通过建立反应深度与解码位置的对应关系和反应深度分割边界，不仅能有效解出高能光子反应深度信息，而且不需要传统方法中针对深度定位附加设计的复杂结构，节约成本，简单有效。