本发明公开了一种微生物复合菌肥及其制备方法，属微生物菌肥技术领域。其含有机质≥30％，氮、磷、钾各≥4％，同时每克菌肥含有：解磷菌、解钾菌、固氮菌、嗜碱菌和嗜盐菌各1.5-2.5亿个，嗜热细菌和嗜热放线菌各2-3亿个。其中包含改良土壤结构的微生物，嗜盐嗜碱微生物以及嗜热微生物。改良土壤结构的微生物包含自生固氮菌和解磷解钾菌，能使板结的土壤(由化肥引起)变疏松,增加土壤有机质含量,改善土壤结构；嗜热细菌和嗜热放线菌，可以在几天内分解腐熟秸秆,使其成为农肥，增加土壤肥力；嗜盐嗜碱菌，能在盐碱土壤环境下生存繁殖,对于改善盐碱地的酸碱度有独特作用,使盐碱地变废为宝,使菌肥成为正常土壤和盐碱土壤的两用菌肥。