本发明公开了一种去除畜禽养殖废水中重金属的人工湿地系统，属于禽畜养殖业废水处理技术领域。本发明通过先将畜禽养殖废水在配水箱混合均匀，然后通过进水管均匀进入到带有填料层的填料柱中，水力停留时间2h；待人工湿地填料柱吸附饱和，失去处理效果后，及时更换填料柱。本发明可有效去除禽畜养殖废水中的重金属Cd2+、Cr6+、Cu2+、Mn2+，操作简单，不消耗动力，大大节省了运行和维修费用，整个人工湿地污水处理系统可更加高效稳定的运行；占地面积小便于移动，更适用于土地资源紧张的发达地区；处理过的畜禽养殖废水可直接排放或进行二次利用。