本发明公开了一种故障诊断系统的逻辑网络拓扑排序和存储方法，包括以下步骤：1)符合IEC61131‑3标准、以功能块原理图fbd表示的复杂故障诊断逻辑是包括有向树形结构和带多重反馈环的有向有环结构,对表示逻辑关系的复杂拓扑结构进行拓扑排序；2)在数据库中分别建立两类表:功能块信息表和故障树逻辑关系表,所述功能块信息表描述每个功能块的详细属性和执行信息,所述故障树逻辑关系表描述各个功能块之间的连接关系以及它的排序级数，表和表之间通过关键字相关联；3)根据数据库中功能块的关系表的内容,直接生成符合IEC61131‑3标准的fbd图。本发明可以降低自动控制领域故障诊断系统成本，实现系统灵活配置和可靠运行。