一种有轨电车整体控制系统及其控制方法，所述控制系统包括用于所有线路的运营控制的运营调度指挥系统、用于在终点站和正线出岔车站对电车联锁控制的正线信号控制系统、用于发送实时定位和进路请求信号的综合车载信息系统、用于电车交叉口控制的交叉口优先控制系统；所述控制方法包括控制优先级依次从高到低的人工确认控制模式、手动遥控控制模式、集中自动控制模式和车地自动控制模式；本发明针对有轨电车复杂的运行环境，其各个模块通过通信系统协同完成与其相适应的控制模式，各个控制模式转换方便，自动化与智能化水平高，利于提高有轨电车运行的安全与效率。