本发明涉及一种分子标记技术，具体涉及一种红麻表达序列标签微卫星DNA分子标记。其步骤包括，基于红麻转录组测序序列开发新的微卫星位点，扩增微卫星位点的引物序列以及微卫星位点多态性分析。本发明的特征是，基于红麻转录组测序的转录因子表达序列标签，分离鉴定了24个微卫星标记的DNA序列和扩增该24个微卫星位点的引物序列。本发明的24个新的红麻微卫星DNA标记可应用于红麻品种的遗传多样性分析，遗传连锁图谱构建以及分子标记辅助育种等研究，重复性好，是一种可靠有效的分子标记。