本发明公开了一种利用模拟分子动力学方法确定后装源驻留时间的方法，用于解决现有技术因临床情况的复杂性，而导致驻留位较多、剂量参考点不能与驻留位一一对应等问题。该方法包括以下步骤：(一)根据驻留点和剂量节制点的位置关系，采用下式算出每个驻留点在剂量节制点处的剂量：(二)根据剂量节制点处的计算剂量与处方剂量的偏差和相邻驻留点的时间差构成评价函数：(三)根据上式对时间tk求偏导数，得到式(3)：(四)将上式近似为一个分子动力学方程，得到分子间的相互作用力fk：(五)采用下式进行迭代，迭代过程中，通过不断改变τ的值，得出不同的驻留时间。