本发明涉及一种选择性降解水中微量多环芳烃的方法，先制备分子印迹修饰催化剂(C)，再将顶部有射流器(4)、中部有紫外灯(7)的光催化反应器(6)、内有高速搅拌机(32)的回流水池(33)、用隔板(16)分为混凝区(15)、沉淀区(17)的混凝沉淀池(14)、膜分离器(21)连接。射流器(4)将分子印迹修饰催化剂(C)，含微量多环芳烃的进水(A)和空气(B)射入光催化反应器(6)，与从其底部进入的回流水(G)形成对流，使分子印迹修饰催化剂(C)处于悬浮状态，本发明可选择性降解水中微量多环芳烃，并使分子印迹修饰催化剂(C)循环或再生利用，不需要对膜分离器(21)频繁反冲洗。