本发明涉及一种高频IPD模块三维集成晶圆级封装结构及封装方法，包括PCB系统板，其特征是：在所述PCB系统板上堆叠低频IPD封装体，在低频IPD封装体上堆叠射频IPD封装体；所述PCB系统板通过焊球与低频IPD封装体的正面连接，低频IPD封装体通过焊球实现与外界的电学连接；所述低频IPD封装体通过第一金属焊垫和第二金属焊垫与射频IPD封装体连接。本发明将射频IPD模块功能进行分割，将IPD芯片分割为低频电路和射频电路两部分，并采用基于高电阻硅材料的晶圆级平面加工、TSV三维集成晶圆工艺，实现三维结构的射频IPD模块封装，减少射频IPD模块对于PCB系统板上信号线路的干扰。同时，占用PCB系统板的面积也相应减小，有利于实现器件和系统小型化。