本发明公开了一种银包金纳米棒的制备方法及应用，属于食品质量检测分析技术领域。本发明通过制备Au@Ag纳米棒，利用其表面增强荧光性，成功应用于检测大肠致病菌E.coli O157:H7eaeA基因，与传统方法相比，极大的降低了检测限、提高了灵敏度和并获得了良好的稳定性。利用荧光增强-减弱原理，建立了大肠致病菌E.coli O157:H7eaeA基因检测标准曲线，线性范围在10-17to 10-11M之间，相关系数为R2＝0.9947，检测限为3.33×10-18M(S/N＝3)。本发明特异性良好，通过加标实验，eaeA基因回收率为98.36％–101.67％，且其稳定性良好，可应用于水中大肠致病菌E.coli O157:H7eaeA基因的检测，具有非常广泛的应用前景。