本发明涉及一种多轴隔振支座系统，其包括能够实现沿X轴方向平动、沿Y轴方向平动和绕Z轴转动这三个自由度的上层支座和能够实现沿Z轴方向平动、绕X轴转动和绕Y轴转动这三个自由度的下层支座；上层支座包括其中设置有上层基座的上层基座板、能够沿X轴方向施加作用力而控制上层基座板的X轴方向作动器、能够沿Y轴方向施加作用力而控制上层基座板的Y轴方向作动器；下层支座包括其中设置有下层基座的下层基座板、能够沿Z轴方向施加作用力而控制下层基座板的Z轴方向作动器；上层支座和下层支座之间通过中层固定板相连接。本发明的混合控制的支座系统可有效地对外界干扰进行多方向控制，控制精度高，具有显著的经济效益。