本发明属于精密测量领域，为提供一种样品漂移主动补偿方法及装置，提高测量系统对样品漂移的补偿速度和精度，并实现三维尺度上的漂移补偿。为此，本发明采取的技术方案是，基于数字全息的样品漂移主动补偿装置，包括：激光器，衰减器，特殊载玻片，三维纳米移动平台，物镜，二维高速光电检测器，处理系统，反馈系统，移动平台控制台，虚线处的平面为全息图平面；由激光器生成单色连续激光，用于系统的照明光源；衰减器用于调节激光器发出的照明激光的光强。本发明主要应用于精密测量。