一种快速稳定启动废水亚硝酸盐型兼养脱硫反硝化系统的方法，通过三步法分阶段控制生态因子，分别创造了利于硫-自养硝酸盐型微生物、兼养硝酸盐型微生物和兼养亚硝酸盐型微生物活性提高的厌氧环境，促进不同功能菌群的快速形成，降低微生物群落的复杂程度。本发明的启动方法利于脱硫反硝化工艺在高负荷条件下的稳定运行，并且降低了启动时间，增强了系统稳定性，系统启动后，硫化物和亚硝酸盐的去除率可快速达到100％，有机物的去除率可达90％以上，单质硫的产率高，始终保持在80％以上，利于单质硫的后续高效回收，实现废物资源化。